این شرکت در سال ۱۳۸۶ مشمول اصل ۴۴ قانون اساسی قرار گرفت و با عرضه سهام آن در بازار بورس، به بخش خصوصی واگذار شد. نفت خام مورد نیاز شرکت پالایش نفت اصفهان از میدان نفتی مارون، در فاصله ۷۰ کیلومتری اهواز، از طریق ۷ ایستگاه تقویت فشار و با خط لوله‌ای به طول ۴۳۰ کیلومتر تأمین می‌شود. از میان واحدهای عملیاتی آن می‌توان به واحدهای تقطیر در جو، تقطیر در خلاء، تولید گاز مایع، تبدیل کاتالیستی، تولید هیدروژن و آیزوماکس (هیدروکراکینگ) اشاره کرد.
شرکت پالایش نفت اصفهان فعالیت خود را در زمینه پالایش نفت خام و تولید فرآورده‌های نفتی از سال ۱۳۵۸ شروع کرده و هم‌اکنون حدود ۲۲ ٪ از فرآورده‌های نفتی مورد نیاز کشور را تولید می‌کند.
ظرفیت تولید این پالایشگاه هم‌اکنون ۳۷۵ هزار بشکه در روز است. خوراک پالایشگاه اصفهان توسط شرکت ملی مناطق نفت‌خیز جنوب تأمین می‌شود و نفت خام مورد نیاز آن بطور روزانه از طریق لوله‌ای به طول ۴۳۰ کیلومتر، از میدان نفتی مارون در استان خوزستان، ارسال می‌شود.
